Le CFMD est placé sous l'autorité du secrétaire général pour l'administration. Le directeur du centre, nommé par le ministre de la défense, sur proposition du secrétaire général pour l'administration, est entouré d'une équipe restreinte, concevant et développant à ses côtés les actions du CFMD.

Le secrétaire général pour l'administration préside un comité directeur au sein duquel siègent ou se font représenter les chefs d'état-major et le délégué général pour l'armement, les directeurs, ainsi que trois personnalités extérieures au ministère choisies en raison de leur expertise dans le domaine du management. Ce comité se réunit au moins une fois par an. Il exprime son avis sur l'activité du centre, propose, valide ou infléchit les axes d'effort à développer en matière de formation, d'information et d'études.

Le CFMD dispose aussi de réseaux de correspondants dans les armées, directions et services afin de l'aider au recensement des besoins en formation et à la mise en œuvre des orientations du comité directeur. " Un point d'entrée unique " par grand organisme recueille les candidatures, diffuse les informations relatives aux stages et transmet les propositions de mise en formation.